Tổ chức bộ máy vẫn còn cồng kềnh, tổ chức bộ máy của Chính phủ tuy giữ ổn định nhưng tăng về đầu mối tổ chức bên trong của bộ, cơ quan ngang bộ, nhiều tầng nấc trung gian...
Tổng cục Môi trường dự kiến sẽ giảm từ 7 Cục xuống còn 4 Cục, chuyển đổi mô hình tổ chức của 3 Cục thành Vụ. Số lượng đầu mối cấp phòng sẽ giảm bớt 17 phòng, số lượng cán bộ lãnh đạo cấp phòng sẽ giảm 43 người.
Căn cứ theo Tiêu chuẩn của đơn vị hành chính và phân loại đơn vị hành chính đã được Ủy ban Thường vụ Quốc hội thông qua, có ít nhất 31 tỉnh và thành phố trực thuộc trung ương chưa điều kiện về diện tích tối thiểu.