Tổ chức bộ máy vẫn còn cồng kềnh, tổ chức bộ máy của Chính phủ tuy giữ ổn định nhưng tăng về đầu mối tổ chức bên trong của bộ, cơ quan ngang bộ, nhiều tầng nấc trung gian...
Tổng cục Môi trường dự kiến sẽ giảm từ 7 Cục xuống còn 4 Cục, chuyển đổi mô hình tổ chức của 3 Cục thành Vụ. Số lượng đầu mối cấp phòng sẽ giảm bớt 17 phòng, số lượng cán bộ lãnh đạo cấp phòng sẽ giảm 43 người.
Theo Đại biểu Quốc hội, vẫn có khả năng một người đã có nhà và đang sinh sống tại một địa phương nhưng vẫn có thể đủ điều kiện mua NOXH tại địa phương khác, từ đó phát sinh nguy cơ trục lợi và đầu cơ chính sách.