Bên cạnh cơ chế cấp Giấy chứng nhận xuất xứ (C/O) truyền thống, Việt Nam và EU thống nhất cho phép nhà xuất khẩu được tự chứng nhận xuất xứ.
Đây là cơ chế mà nhà xuất khẩu tự khai xuất xứ của sản phẩm, trong bộ tài liệu nộp cho cơ quan hải quan của nước nhập khẩu, thay vì phải xin giấy chứng nhận xuất xứ từ các cơ quan chức năng.
Với lô hàng có trị giá dưới 6.000 EUR, bất kì nhà xuất khẩu nào cũng có thể tự chứng nhận xuất xứ.
Với lô hàng có trị giá trên 6.000 EUR, chỉ có nhà xuất khẩu đủ điều kiện (Approved exporters) mới được tự chứng nhận xuất xứ.
Hiện nay, EU đang xây dựng hệ thống nhà xuất khẩu đăng kí (Registered exporters) – là hệ thống cho phép nhà xuất khẩu chỉ cần đăng kí với cơ quan có thẩm quyền là có thể tự chứng nhận xuất xứ. Khi hệ thống này hoàn thiện và được áp dụng, EU sẽ thông báo cho Việt Nam trước khi thực hiện.
Hiện nay, Việt Nam chưa chính thức triển khai cơ chế tự chứng nhận xuất xứ. Trong thời gian tới, khi có thể chính thức áp dụng cơ chế này, Việt Nam sẽ ban hành qui định liên quan trong nước và thông báo cho EU trước khi thực hiện.
Dự kiến, nhà xuất khẩu sẽ tự chứng nhận xuất xứ trên một hoá đơn, phiếu giao hàng hoặc bất kì chứng từ thương mại nào mô tả sản phẩm liên quan, với đủ thông tin để xác định được sản phẩm đó. Chứng từ tự chứng nhận xuất xứ không phải thể hiện tiêu chí xuất xứ và mã HS hàng hóa nhưng phải có chữ kí của nhà xuất khẩu.
Trường hợp nhà xuất khẩu đủ điều kiện có đăng kí với cơ quan có thẩm quyền của nước xuất khẩu, về việc chịu hoàn toàn trách nhiệm với chứng từ tự chứng nhận xuất xứ do họ phát hành, thì không phải kí tên trên chứng từ đó.
Bên cạnh đó, việc tự chứng nhận xuất xứ có thể được thực hiện sau khi xuất khẩu hàng hóa với điều kiện chứng từ chứng nhận xuất xứ đó phải được xuất trình tại Bên nhập khẩu không muộn hơn hai năm, hoặc khoảng thời gian được qui định trong luật pháp của Bên nhập khẩu, tính từ khi hàng hoá được nhập khẩu vào lãnh thổ của Bên đó.