Hệ thống tín hiệu được đầu tư (công nghệ Trung Quốc, Pháp) xài chưa được bao lâu đã lộ nhiều điểm bất cập, một số ga thường xảy ra sự cố, tàu lửa suýt tông nhau.
Đường kết nối cầu Tứ Liên từ nút giao đường dẫn cầu Tứ Liên với đường Trường Sa đến đường cao tốc Hà Nội - Thái Nguyên có chiều dài khoảng 5,7 km, với tổng mức đầu tư hơn 5.000 tỷ đồng.