Hệ thống tín hiệu được đầu tư (công nghệ Trung Quốc, Pháp) xài chưa được bao lâu đã lộ nhiều điểm bất cập, một số ga thường xảy ra sự cố, tàu lửa suýt tông nhau.
Theo Đồ án điều chỉnh quy hoạch chung TP HCM đến năm 2040, tầm nhìn đến năm 2060 vừa được thông qua, thành phố dự kiến hình thành và phát triển thành 5 phân vùng.