Theo Kiểm toán Nhà nước, vốn đầu tư của BT chủ yếu là vốn vay (khoảng 85%) và được tính lãi, với lãi suất tối đa huy động bằng 1,3 lần lãi suất TPCP, dẫn đến thực chất gần như toàn bộ dự án là vốn của Nhà nước hoặc là vốn của Nhà nước đi vay với mức lãi suất cao hơn lãi suất Nhà nước huy động để đầu tư thực hiện dự án.
Theo đại diện Ban Quản lý các Khu chế xuất và công nghiệp TP HCM, so với các dự án nhà ở thông thường, việc xây dựng NOXH phức tạp hơn. Chẳng hạn như việc chọn địa điểm xây dựng, nếu NOXH được quy hoạch ở những khu vực quá xa trung tâm như Củ Chi thì sẽ không khả thi do di chuyển hàng ngày bất tiện.