Theo dó, ban quản lý kiến nghị được điều chỉnh tiến độ hoàn thành và tổng mức đầu tư dự án đề xuất điều chỉnh lên 35.679 tỷ đồng, tăng 16.124 tỷ đồng so với tổng mức đầu tư ban đầu (tăng 82%).
Ngoài ra, dự án kiến nghị điều chỉnh đoạn tuyến đi ngầm thành 8,9 km và đoạn tuyến trên cao thành 2,6 km.
Chiều dài phần đi ngầm và đi cao thay đổi so với báo cáo nghiên cứu khả thi được duyệt năm 2008 do thay đổi phương án trắc dọc đoạn chuyển tiếp từ phần cầu cạn sang phần hầm ngầm; đồng thời, thay đổi phạm vi giữa 2 phần trên cao và ngầm.
Ngoài ra, tổng nhu cầu sử dụng đất của dự án đề xuất điều chỉnh lên 92,04 ha thay 49,06 ha theo quyết định ban đầu. Trong đó, diện tích đất xây dựng công trình là 34,06 ha; diện tích đất bảo vệ công trình, hành lang an toàn là 57,98 ha.
Tổng nhu cầu sử dụng đất của dự án tăng lên do xác định lại hành lang bảo vệ tuyến cho đoạn đi cao và ranh giới tuyến đoạn đi ngầm trên cơ sở quy hoạch Tổng mặt bằng tuyến và ga đã được UBND thành phố phê duyệt.
Theo Ban Quản lý đường sắt đô thị Hà Nội, dự án được nghiên cứu lập tại giai đoạn năm 2007-2008, khi đó ở Việt Nam chưa có đầy đủ các định mức, đơn giá áp dụng cho loại công trình đường sắt đô thị nên việc xác định tổng mức đầu tư của đơn vị tư vấn chỉ là dựa trên cơ sở suất đầu tư của các công trình tương tự ở khu vực châu Á, thực hiện từ những năm 2000.
Mặc dù, đơn vị tư vấn đã cập nhật suất đầu tư các dự án và xem xét đến sự tương thích với điều kiện thi công và mặt bằng giá cả tại thành phố Hà Nội thời điểm năm 2008, nhưng do còn thiếu kinh nghiệm thực tế nên việc tính toán cũng chỉ dừng lại những vấn đề mang tính chất bình quân đối với một dự án mà chưa xem xét đầy đủ đến các yêu cầu an toàn cao; chưa tính toán đủ tổ chức vận hành, khai thác, bảo dưỡng...
Nguyên nhân tổng mức đầu tư đề nghị điều chỉnh tăng thêm 16.124 tỷ đồng là do thay đổi về quy mô đầu tư, làm tổng mức đầu tư tăng 3.807 tỷ đồng (khoảng 19%); thay đổi tỷ giá quy đổi, làm tổng mức đầu tư tăng 11 tỷ đồng (khoảng 0,1%); các nguyên nhân về giá làm tổng mức đầu tư tăng 5.769 tỷ đồng (khoảng 29,5%); thay đổi chế độ, chính sách và các quy định của Nhà nước liên quan đến việc xác định và quản lý chi phí đầu tư tăng 6.536 tỷ đồng (khoảng 33,2%).
Bên cạnh đề xuất điều chỉnh tổng mức đầu tư, Ban Quản lý đường sắt đô thị Hà Nội cũng kiến nghị thời gian hoàn thành dự án trong giai đoạn 2009 - 2034 (dự kiến thời gian bảo dưỡng khoảng 5 năm) để phù hợp với thực tế.
Dự án đường sắt đô thị Nam Thăng Long - Trần Hưng Đạo đã được thành phố Hà Nội phê duyệt tại Quyết định số 2054/QĐ-UBND ngày 13/11/2008, có tổng chiều dài tuyến 11,5 km, trong đó 8,5 km đường đi ngầm, 3 km đi cao. Điểm đầu Nam Thăng Long (CIPUTRA) theo đường Nguyễn Văn Huyên kéo dài - Hoàng Quốc Việt - Hoàng Hoa Thám - Thụy Khuê - Phan Đình Phùng - Hàng Giấy - Hàng Đường - Hàng Ngang - Hàng Đào - Đinh Tiên Hoàng - Hàng Bài. Điểm cuối giao với phố Trần Hưng Đạo.
Dự án có tổng mức đầu tư ban đầu là 19.555 tỷ đồng, trong đó vốn vay Cơ quan hợp tác quốc tế Nhật Bản (JICA) là 16.485 tỷ đồng; vốn đối ứng ngân sách thành phố Hà Nội là 3.079 tỷ đồng.