Thông khai có quan hệ tình cảm với chị Lê Thị T. (giáo viên một trường mầm non ở huyện Lang Chánh) nhiều năm nay dù cả hai đã có gia đình. Vợ ông Thông đang lao động ở nước ngoài.
Khu đô thị Cảng hàng không quốc tế Gia Bình 2 được đầu tư bởi Bất động sản An Phú. Doanh nghiệp này thành lập vào tháng 9/2025 với vốn điều lệ ban đầu 800 tỷ đồng, đến nay đã tăng vốn lên 13.700 tỷ đồng.