Thông khai có quan hệ tình cảm với chị Lê Thị T. (giáo viên một trường mầm non ở huyện Lang Chánh) nhiều năm nay dù cả hai đã có gia đình. Vợ ông Thông đang lao động ở nước ngoài.
Với việc nắm 36% cổ phần tại Nhà Hào Nam, Thủy điện Thái An gián tiếp là nhà đầu tư một dự án bất động sản ven Vành đai 3 Hà Nội (cùng với Kang Long, Nhà Hà Nội và một cá nhân). Thủy điện Thái An là doanh nghiệp có vốn góp của các ngân hàng Bac A Bank và MB Bank.