Theo đó, Công ty CP Hòn Tằm Biển Nha Trang bị phạt 110 triệu đồng về hành vi lấn chiếm đất nông nghiệp (đất rừng sản xuất). Cụ thể, Công ty CP Hòn Tằm Biển Nha Trang (Công ty Hòn Tằm) tự ý sử dụng đất, san ủi mặt bằng khi chưa hoàn thành các thủ tục giao đất, cho thuê đất theo qui định với diện tích hơn 2.320 m2.
Ngoài ra, Công ty CP Hòn Tằm Biển Nha Trang cũng bị phạt 7 triệu đồng về hành vi "hủy hoại đất" với diện tích hơn 400 m2. Cụ thể, Công ty CP Hòn Tằm Biển Nha Trang làm biến dạng địa hình do san lấp đất có mặt nước chuyên dùng tại đảo Hòn Tằm.
Trong đó hơn 228 m2 đất có mặt nước ven biển và 172 m2 đất nằm ngoài ranh giới qui hoạch phê duyệt.
Vào tháng 3/2020, UBND TP Nha Trang đã ban hành quyết định xử phạt vi phạm hành chính 40 triệu đồng đối với Công ty CP Hòn Tằm Biển Nha Trang do có hành vi tổ chức "thi công xây dựng công trình không có giấy phép xây dựng" tại dự án khu du lịch đảo Hòn Tằm.
Trước đó, Đoàn kiểm tra liên ngành của do Sở TN&MT tỉnh Khánh Hòa, Sở Xây dựng tỉnh Khánh Hòa, Ban Quản lý Vịnh Nha Trang và Phòng đô thị TP Nha Trang đã tiến hành kiểm tra tất cả những vấn đề liên quan đến đất đai, môi trường, xây dựng... tại dự án Khu du lịch đảo Hòn Tằm.
Sở Xây dựng tỉnh Khánh Hòa cho biết, đã phát hiện Công ty Cổ phần Hòn Tằm biển Nha Trang đã tự ý san ủi mặt bằng và xây dựng các hạng mục công trình bê tông cốt thép tại dự án khu du lịch đảo Hòn Tằm không có giấy phép xây dựng và không có trong qui hoạch chi tiết 1/500 của khu du lịch đảo Hòn Tằm được UBND tỉnh Khánh Hoà cho phép điều chỉnh năm 2018.
Liên quan đến những sai phạm tại dự án trên, quá trình kiểm tra, Ban quản lí Vịnh Nha Trang phát hiện vùng mặt nước phía Tây Nam đảo (thuộc phân khu phục hồi sinh thái Khu bảo tồn biển vịnh Nha Trang), Công ty CP Hòn Tằm biển Nha Trang đang triển khai hoạt động san lấp lấn biển cải tạo mặt bằng để xây dựng.
Trong quá trình xây dựng phái Tây Nam đảo Hòn Tằm, đất đá bị tràn xuống biển làm ảnh hưởng nghiêm trọng đến môi trường khu vực này.
Báo cáo gửi UBND TP Nha Trang của Ban Quản lí Vịnh Nha Trang nêu rõ: "Qua lặn kiểm tra dưới đáy biển phát hiện đất, đá trong quá trình san lấp đã tràn xuống biển ảnh hưởng nghiêm trọng đến hệ sinh thái khu vực này.
Đặc biệt là hệ sinh thái rạn san hô bị hủy hoại, khó có khả năng phục hồi nguyên trạng ban đầu. Một lượng bùn đất không nhỏ theo dòng chảy tràn ra các khu vực xung quanh có nguy cơ ô nhiễm cục bộ tại khu vực vùng nước sát bờ phía Tây Nam đảo Hòn Tằm".