Khó khăn lớn nhất trong nguồn vốn đầu tư cho vay đối với các dự án nhà ở xã hội, nhà ở thương mại hiện nay là ngân sách nhà nước chưa bố trí nguồn vốn để tốc bù chênh lệch lãi suất cho các tổ chức tín dụng được chỉ định cho vay mua nhà.
Theo đại diện Ban Quản lý các Khu chế xuất và công nghiệp TP HCM, so với các dự án nhà ở thông thường, việc xây dựng NOXH phức tạp hơn. Chẳng hạn như việc chọn địa điểm xây dựng, nếu NOXH được quy hoạch ở những khu vực quá xa trung tâm như Củ Chi thì sẽ không khả thi do di chuyển hàng ngày bất tiện.