Theo đó, mục tiêu chung của Chiến lược là phát triển thuỷ lợi theo hướng hiện đại, linh hoạt, bảo đảm cấp, thoát nước cho dân sinh, các ngành kinh tế, góp phần phục vụ phát triển kinh tế - xã hội bền vững, bảo đảm an ninh nguồn nước, lợi ích quốc gia, quốc phòng, an ninh;
Chủ động phòng, chống và giảm thiểu thiệt hại do thiên tai gây ra, ứng phó với trường hợp bất lợi nhất, nâng cao mức bảo đảm tiêu thoát nước, phòng chống lũ, ngập lụt, hạn hán, xâm nhập mặn, bảo vệ môi trường, thích ứng với biến đổi khí hậu và phát triển thượng nguồn các lưu vực sông; góp phần xây dựng một xã hội an toàn trước thiên tai.
Chiến lược cũng đưa ra các mục tiêu cụ thể về cấp nước; tiêu, thoát nước và bảo vệ môi trường; phòng, chống thiên tai và ứng phó với biến đổi khí hậu.
Về cấp nước, bảo đảm cấp nước cho sinh hoạt, sản xuất nông nghiệp và đáp ứng nhu cầu của các ngành kinh tế - xã hội; cấp và tạo nguồn cho khu đô thị, công nghiệp, khu chế xuất, khu kinh tế, khu công nghệ cao từ hệ thống công trình thủy lợi; đặc biệt quan tâm đến những vùng thường xuyên thiếu nước như Duyên hải miền Trung, Tây Nguyên, ĐBSCL; chú trọng bảo vệ môi trường và bảo vệ hệ sinh thái thủy sinh, phục vụ phát triển bền vững.
Đồng thời cấp nước chủ động cho diện tích đất trồng lúa hai vụ với mức đảm bảo tưới 85%, trong đó đến năm 2030 có 30%, năm 2050 có 60% diện tích trồng lúa thực hiện phương thức canh tác tiên tiến; đến năm 2030 diện tích cây trồng cạn được tưới đạt 70%, trong đó tưới tiên tiến, tiết kiệm nước đạt 30%; đến năm 2050 đạt 100%, trong đó tưới tiên tiến, tiết kiệm nước đạt 60%.
Về tiêu, thoát nước và bảo vệ môi trường, Chiến lược đặt mục tiêu chủ động tiêu, thoát nước ra sông chính, tăng diện tích tiêu bằng động lực, đảm bảo tiêu thoát ở vùng đồng bằng, vùng trũng phục vụ dân sinh, nông nghiệp với tần suất từ 5 - 10%; đáp ứng yêu cầu tiêu, thoát cho khu đô thị tiêu vào hệ thống công trình thủy lợi.
Về phòng, chống thiên tai và ứng phó với biến đổi khí hậu, chủ động ứng phó có hiệu quả với các tác động bất lợi của hạn hán, thiếu nước, xâm nhập mặn, lũ, ngập lụt, úng, xói lở bờ sông, bờ biển...kết hợp hài hòa giữa giải pháp công trình và giải pháp phi công trình; đảm bảo an toàn trước các tác động bất lợi do thiên tai liên quan đến nước gây ra cho các đô thị, khu dân cư, hoạt động sản xuất trong điều kiện biến đổi khí hậu.