Môi trường thường bị ô nhiễm trầm trọng do nước thải từ cống rãnh, các công trình vệ sinh hòa tan trong nước. Đây là nguyên nhân khiến một số dịch bệnh bùng phát sau mưa bão, trong đó có dịch bệnh sốt xuất huyết.
Theo đại diện Ban Quản lý các Khu chế xuất và công nghiệp TP HCM, so với các dự án nhà ở thông thường, việc xây dựng NOXH phức tạp hơn. Chẳng hạn như việc chọn địa điểm xây dựng, nếu NOXH được quy hoạch ở những khu vực quá xa trung tâm như Củ Chi thì sẽ không khả thi do di chuyển hàng ngày bất tiện.