Báo cáo kết quả kiểm toán năm 2019, Kiểm toán Nhà nước đã chỉ rõ hàng loạt tồn tại, vi phạm trong chương trình nhà ở xã hội (NƠXH) tại các quận, huyện của Hà Nội như Long Biên, Thanh Trì, Đông Anh như việc một số dự án chưa phân bổ chính xác do chưa cân đối dòng huy động từ khách hàng và vốn chủ sở hữu làm tăng lãi vay được vốn hóa vào dự án; một số dự án lập dự toán theo phương án tính giá bán còn sai khối lượng, sai đơn giá...
Theo đại diện Ban Quản lý các Khu chế xuất và công nghiệp TP HCM, so với các dự án nhà ở thông thường, việc xây dựng NOXH phức tạp hơn. Chẳng hạn như việc chọn địa điểm xây dựng, nếu NOXH được quy hoạch ở những khu vực quá xa trung tâm như Củ Chi thì sẽ không khả thi do di chuyển hàng ngày bất tiện.