Quy hoạch xác định mục tiêu từng bước hình thành hệ thống các khu bảo tồn nhằm bảo vệ, phục hồi, tái tạo nguồn lợi thủy sản, đặc biệt là các giống loài thủy sản quý hiếm, có giá trị kinh tế và khoa học cao, bảo vệ các hệ sinh thái thủy sinh tại các vùng nước nội địa; khuyến khích sự tham gia của cộng đồng trong việc quản lý, khai thác và sử dụng hợp lý nguồn lợi, bảo đảm cân bằng sinh thái, giữ gìn đa dạng sinh học các vùng nước nội địa ở mức độ cao.
Với mục tiêu cụ thể theo các giai đoạn quy hoạch như sau: Giai đoạn 2008 - 2010, hoàn thành quy hoạch hệ thống các khu bảo tồn vùng nước nội địa. Thiết lập và đưa vào hoạt động 5 khu bảo tồn đại diện cho lưu vực sông Hồng, sông Cửu Long và Tây Nguyên;
Giai đoạn 2011 - 2015, thiết lập và đưa vào hoạt động 25 khu bảo tồn vùng nước nội địa, trong đó có một khu bảo tồn loài liên quốc gia; Giai đoạn 2016 - 2020, thiết lập và đưa vào hoạt động 15 khu bảo tồn vùng nước nội địa. Hoàn thiện hệ thống khu bảo tồn vùng nước nội địa.
Về phạm vi quy hoạch, hệ thống các khu bảo tồn vùng nước nội địa được quy hoạch và xây dựng tại 63 tỉnh thành trong cả nước và được phân ra 7 vùng kinh tế nông nghiệp bao gồm: các tỉnh miền núi phía Bắc, đồng bằng sông Hồng, Bắc Trung bộ, Nam Trung Bộ, Tây Nguyên, Đông Nam Bộ và đồng bằng sông Cửu Long.
Ngân sách nhà nước tập trung đầu tư cho các công việc quy hoạch tổng thể, quy hoạch chi tiết cho 45 khu bảo tồn vùng nước nội địa, xây dựng một số công trình hạ tầng thiết yếu và hỗ trợ hoạt động của Ban Quản lý chương trình và đối với các khu bảo tồn có tầm quan trọng quốc gia, quốc tế hoặc nằm trên địa bàn nhiều tỉnh. Huy động sự tham gia và tài trợ của các tổ chức cá nhân trong và ngoài nước để đầu tư, quản lý và khai thác, sử dụng các khu bảo tồn khác.
Dự kiến tổng kinh phí và phân bổ theo các giai đoạn như sau: Tổng kinh phí dự kiến khoảng 85.000 triệu VNĐ, trong đó: Giai đoạn 2008 - 2010 là 15.000 triệu VNĐ; Giai đoạn 2011 - 2015 là 50.000 triệu VNĐ; Giai đoạn 2016 - 2020 là 20.000 triệu VNĐ.
Xem chi tiết: Quy hoạch hệ thống khu bảo tồn vùng nước nội địa đến năm 2020 TẠI ĐÂY.