12 ga dừng của tuyến metro số 3 Nhổn - Ga Hà Nội, màu xám là đoạn đi ngầm.
Tuyến đường sắt số 3 Nhổn - Ga Hà Nội có 12 ga dừng với tổng chiều dài 12,5 km, trong đó đoạn đi trên cao dài 8,5 km, đoạn đi ngầm khoảng 4 km, tổng mức đầu tư gần 35.000 tỷ đồng. Đoạn trên cao từ ga S1 Nhổn - S8 Cầu Giấy đã hoàn thành và đưa vào vận hành, khai thác từ ngày 8/8/2024. Điểm đầu của tuyến sẽ bắt đầu từ khu depot nằm trên đường Tây Tựu rồi di chuyển lên ga S1 ở đường Cầu Diễn.
Cách đó khoảng 1 km theo đường Cầu Diễn là nhà ga S2 Minh Khai nằm ở đoạn giữa phố Ngọa Long và Đình Quán.
Tiếp đến là ga S3 Phú Diễn nằm cách đường sắt Bắc Hồng - Văn Điển khoảng 70 m.
Ga S4 Cầu Diễn sẽ được đặt ở gần đoạn sông Nhuệ đi qua, sát với đường Nguyễn Văn Giáp và Hoàng Công Chất.
Đối diện với Nhà hát Quân đội là nhà ga S5 Lê Đức Thọ, cách đó hơn 900 m là ga S6 Đại học Quốc gia.
Nằm giữa hai tòa nhà Discovery Complex và The West là nhà ga S7 Chùa Hà.
Ga S8 Cầu Giấy được đặt ở cạnh nút giao Vành đai 1 - Vành Đai 2 - Cầu Giấy, đoạn đối diện Trường Đại học Giao thông Vận tải. Tại ga này, tuyến metro bắt đầu hạ thấp dần để chuyển sang đi ngầm.
Ga ngầm đầu tiên của tuyến là ga S9 Kim Mã được đặt ở dưới chân cầu vượt Nguyễn Chí Thanh. Đây cũng là khu vực ga ngầm của tuyến metro số 5 Văn Cao - Hòa Lạc.
Nhà Ga S10 Cát Linh của tuyến được đặt ở khu vực ngã 5 Giảng Võ - Hào Nam - Cát Linh - Giang Văn Minh. Ga này nằm bên dưới khách sạn Pullman Hà Nội, gần với ga Cát Linh thuộc tuyến metro số 2A Cát Linh - Hà Đông.
Ga ngầm S11 Văn Miếu đang được thi công tại nút giao Quốc Tử Giám - phố Văn Miếu. Từ đây tuyến sẽ hướng về đường Trần Quý Cáp để đến ga Hà Nội.
Ga cuối cùng của đoạn ngầm là S12 được đặt đối diện với Ga Hà Nội của tuyến đường sắt Bắc - Nam, đoạn nút giao Lê Duẩn - Trần Hưng Đạo. Theo kế hoạch, đoạn đi ngầm từ S9 - S12 của tuyến metro số 3 Nhổn - Ga Hà Nội sẽ được đưa vào vận hành thương mại từ tháng 12/2027. Trong tháng 7/2026, HĐND TP Hà Nội cũng đã thông qua nghị quyết về việc điều chỉnh, bổ sung các dự án đường sắt đô thị trên địa bàn, theo đó sẽ Bổ sung tuyến số 3 từ Nhổn đi Trôi, tiếp tục kéo dài đến Sơn Tây.