Cụ thể theo Kiểm toán Nhà nước, chương trình NOXH giai đoạn 2015-2018 của các địa phương nêu trên chỉ đạt 14% kế hoạch. Nếu tính cả các dự án đã thi công cũng chỉ đạt 38% kế hoạch do các dự án đều chậm tiến độ.
Chương trình chưa căn cứ vào nhu cầu NOXH còn thiếu đến năm 2020 để bố trí quĩ đất phát triển NOXH; quyết định chủ trương đầu tư 26 dự án không nằm trong Kế hoạch nhưng không được gửi lấy ý kiến HĐND trước khi thực hiện.
Ngoài ra theo Kiểm toán Nhà nước, một số dự án chưa được tiếp cận đầy đủ các chính sách ưu đãi, chi phí lãi vay tính vào chi phí dự án chưa tối ưu giá bán NOXH.
Một dự án được chỉ ra rằng chưa phân bổ chính xác do chưa cân đối dòng huy động từ khách hàng và vốn chủ sở hữu làm tăng lãi vay được vốn hóa vào dự án.
Cụ thể là Dự án khu nhà ở xã hội tại ô đất B8.NOXH phường Phúc Đồng, quận Long Biên với số tiền 9,94 tỉ đồng, Dự án khu nhà ở Gia Quất 4,14 tỉ đồng, Dự án NOXH 5B2 Đông Hội, Đông Anh với 6,65 tỉ đồng.
Cơ quan kiểm toán cũng chỉ ra tình trạng một số dự án lập dự toán theo phương án tính giá bán còn sai khối lượng, sai đơn giá như Dự án khu nhà ở Gia Quất, phường Thượng Thanh, quận Long Biên 13,1 tỉ đồng; Dự án đầu tư xây dựng khu NOXH 5B2 tại lô đất ký hiệu 5.B2, 5.B4, 5.B5 thuộc khu tái định cư Đông Hội, huyện Đông Anh 16,2 tỉ đồng; Dự án CT2A Thạch Bàn 1,7 tỉ đồng; Dự án Khu NOXH tại ô đất B8.NXH thuộc quy hoạch chi tiết Khu công viên công nghệ phần mềm Hà Nội 103,9 tỉ đồng; Dự án xây dựng NOXH để bán, cho thuê tại ô đất N04 và một phần ô đất N03 (ký hiệu N03B) 20,9 tỉ đồng; Dự án tại ô đất ký hiệu N05 là 7,2 tỉ đồng.
Ngoài ra có tình trạng thẩm định giá bán, cho thuê chưa xác định rõ diện tích sở hữu chung, riêng về chỗ để xe tại tầng hầm làm cơ sở xác định giá bán, giá cho thuê NOXH trong tương lai tại Dự án Khu NOXH tại ô đất B8.NXH thuộc quy hoạch chi tiết Khu công viên công nghệ phần mềm Hà Nội, tỉ lệ 1/500, tại phường Phúc Đồng, quận Long Biên.
Việc theo dõi, kiểm soát mục đích sử dụng NOXH của chủ đầu tư cũng được chỉ ra rằng còn nhiều trường hợp sai sót như nhà cho thuê, nhận nhà không ở, có trường hợp đã bán; một số trường hợp đã ủy quyền quản lý sử dụng và quyền của người bán cho người mua; một số trường hợp theo báo cáo không có tạm trú, tạm vắng tại địa chỉ nhà mua.
Qua xác minh phân tích thông qua phần mềm UCHI, báo cáo kiểm toán còn chỉ ra rằng còn nhiều trường hợp đã có tài sản là nhà ở nhưng vẫn được các cơ quan, địa phương xác nhận không có nhà ở.