Cụ thể, về công tác lập, thẩm định và phê duyệt quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất của các huyện, thành phố chưa phù hợp quy định, chất lượng các quy hoạch chưa cao, kế hoạch sử dụng đất chưa sát thực trạng tình hình phát triển kinh tế - xã hội ở địa phương dẫn đến phải điều chỉnh.
Một số chỉ tiêu được phê duyệt và thực hiện chưa đạt yêu cầu, chỉ tiêu đất phi nông nghiệp đạt thấp, như: đất khu công nghiệp, cụm công nghiệp, đất phát triển hạ tầng, đất thương mại dịch vụ, đất bãi thải, xử lí chất thải; công tác quản lí nhà nước, kiểm tra việc thực hiện quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất tại một số huyện, thành phố chưa được thường xuyên.
Nội dung kết luận thanh tra chỉ rõ, về trình tự, thủ tục một số hồ sơ giao đất, cho thuê đất còn thiếu sót, khuyết điểm, như: diện tích sử dụng đất của dự án không phù hợp diện tích đất trong quy hoạch sử dụng; một số dự án điện mặt trời sử dụng đất thuộc vùng quy hoạch tưới của dự án thủy lợi, nhưng chưa xác định đầu tư kết hợp sản xuất nông nghiệp công nghệ cao; một số hồ sơ giao đất, cho thuê đất không có văn bản thẩm định nhu cầu sử dụng đất; không thẩm định điều kiện giao đất, cho thuê đất theo quy định pháp luật.
Đặc biệt, có dự án cho thuê đất không đúng theo nội dung quyết định phê duyệt chủ trương đầu tư dự án; điều chỉnh thời hạn cho thuê đất không đúng quy định của pháp luật, không kí điều chỉnh hợp đồng thuê đất khi điều chỉnh quyết định cho thuê đất; một số dự án cho phép chuyển mục đích sử dụng đất không đúng quy định pháp luật.
Kết luận Thanh tra chỉ rõ, có dự án vi phạm việc chuyển đổi mục đích sử dụng đất và quản lí rừng (dự án Khu vui chơi giải trí và trồng rừng phòng hộ ven biển), chồng lấn quy hoạch thăm dò, khai thác chế biến Titan và diện tích đất rừng, vi phạm trật tự xây dựng... dẫn đến chậm tiến độ thực hiện đầu tư, hiệu quả đầu tư thấp.
Về công tác lập, thẩm định, phê duyệt và quản lí khai thác khoáng sản làm vật liệu xây dựng thông thường (cát, sỏi lòng sông), Thanh tra Chính phủ nêu rõ: UBND tỉnh Ninh Thuận chưa lập và phê duyệt kế hoạch đấu giá quyền khai thác khoáng sản làm vật liệu xây dựng thông thường trên địa bàn tỉnh Ninh Thuận năm 2017-2018 theo quy định pháp luật. UBND tỉnh phê duyệt đưa vào khu vực không đấu giá quyền khai thác khoáng sản cần tuân thủ chặt chẽ theo quy định tại khoản 2, Điều 78 Luật Khoáng sản năm 2010 và Điều 12 Nghị định số 15/2012/NĐ-CP và theo tiêu chí mới tại Nghị định 158/2016/NĐ-CP của Chính phủ.
Đối với công tác quản lí nhà nước về đầu tư xây dựng, Thanh tra Chính phủ cho biết, lãnh đạo UBND tỉnh còn thiếu kiên quyết trong công tác chỉ đạo, điều hành đối với một số nội dung. Còn để xảy ra các khuyết điểm, tồn tại như: việc ban hành một số quy định chưa phù hợp, còn chậm; công tác quy hoạch và thực hiện quy hoạch chưa tốt; xây dựng và thực hiện kế hoạch đầu tư công chậm; bố trí vốn thực hiện dự án đầu tư xây dựng, xử lý nợ đọng xây dựng cơ bản, giám sát đánh giá đầu tư, quyết toán dự án hoàn thành còn nhiều sai sót...
Bên cạnh đó, công tác quản lí dự án đầu tư xây dựng từ nguồn vốn nhà nước còn những hạn chế nhất định về năng lực, trách nhiệm, để xảy ra một số vi phạm, khuyết điểm như: lập, thẩm định, phê duyệt dự án chưa tuân thủ quy định về trình tự, thủ tục; lựa chọn nhà thầu tư vấn khảo sát, thiết kế dự toán chưa đạt yêu cầu, chất lượng thấp; công tác lựa chọn nhà thầu chưa bảo đảm quy định về công khai, điều kiện chỉ định thầu,…;
Việc kí kết và thực hiện hợp đồng xây dựng thiếu chặt chẽ; công tác nghiệm thu, thanh toán, quyết toán còn nhiều sai sót; việc bàn giao đưa vào sử dụng còn chậm, để công trình xuống cấp...
Từ đó dẫn đến việc phát sinh chi phí đầu tư xây dựng; chậm tiến độ dự án đầu tư; có nguy cơ lãng phí, thiệt hại ngân sách nhà nước, làm giảm hiệu quả đầu tư. Một số vi phạm về kinh tế, tài chính cần phải được xử lý như phê duyệt lại dự toán, điều chỉnh giá trị hợp đồng xây dựng, giảm trừ thanh toán, quyết toán và thu hồi về ngân sách nhà nước.
Từ những kết luận nêu trên, TTCP kiến nghị Thủ tướng Chính phủ kiểm điểm trách nhiệm Chủ tịch, các Phó Chủ tịch UBND tỉnh Ninh Thuận có liên quan đến các vi phạm, khuyết điểm được nêu trong kết luận thanh tra về việc chấp hành các quy định của pháp luật trong quản lí, sử dụng đất đai, hoạt động thăm dò, khai thác cát, sỏi và đầu tư xây dựng trên địa bàn tỉnh Ninh Thuận.
TTCP yêu cầu thu hồi về ngân sách nhà nước số tiền hơn 188 tỉ đồng từ những sai phạm đã nêu trong kết luận thanh tra... Trong đó 13,431 tỉ đồng (gồm số tiền đã chi sai quy định tại các dự án Hồ chứa nước sông Than 11,028 tỉ đồng, dự án Vườn quốc gia Núi Chúa 604 triệu đồng…; và tiền của các tổ chức, cá nhân nợ tiền cấp quyền khai thác khoáng sản.
Ngày 29/7, Văn phòng Chính phủ có văn bản thông báo ý kiến của Phó Thủ tướng Thường trực Trương Hòa Bình về việc đồng ý với các kiến nghị của Thanh tra Chính phủ.