Xét đề nghị của UBND tỉnh Khánh Hòa và ý kiến của các Bộ: Xây dựng, Tư pháp, Kế hoạch và Đầu tư, Tài chính, Thủ tướng Chính phủ đã đồng ý tạm dừng triển khai lập Quy hoạch tổng thể phát triển kinh tế - xã hội Đơn vị hành chính – kinh tế đặc biệt Bắc Vân Phong cho đến khi Luật Đơn vị hành chính – kinh tế đặc biệt được Quốc hội thông qua.
Thủ tướng Chính phủ yêu cầu UBND tỉnh Khánh Hòa khẩn trương tổ chức việc lập qui hoạch tỉnh Khánh Hòa thời kì 2021 – 2030, tầm nhìn đến năm 2050 theo đúng Luật qui hoạch năm 2017; Nghị quyết số 751/2019/UBTVQH14 ngày 16/8/2019 của Ủy ban Thường vụ Quốc hội và các văn bản pháp luật về qui hoạch; đồng thời tổ chức lập điều chỉnh qui hoạch chung xây dựng Khu kinh tế Vân Phong đảm bảo đồng bộ, thống nhất với các qui hoạch có liên quan và qui định của pháp luật.
Trước đó, UBND tỉnh Khánh Hòa đã có văn bản báo cáo và đề nghị Thủ tướng Chính phủ xem xét cho phép tạm dừng việc lập Qui hoạch tổng thể phát triển kinh tế - xã hội Đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt Bắc Vân Phong cho đến khi Luật Đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt được Quốc hội thông qua.
Theo UBND tỉnh Khánh Hòa, các cơ quan chức năng của tỉnh đã thực hiện một số thủ tục để triển khai qui hoạch tổng thể phát triển kinh tế - xã hội Đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt Bắc Vân Phong như: dự thảo nhiệm vụ qui hoạch, chuẩn bị công tác lựa chọn nhà thầu tư vấn lập qui hoạch… Tuy nhiên, do Luật Đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt vẫn chưa được Quốc hội thông qua, nên quá trình triển khai lập qui hoạch khu vực Bắc Vân Phong theo định hướng Đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt gặp nhiều khó khăn, vướng mắc.
Sau nhiều năm thực hiện điều chỉnh qui hoạch chung xây dựng Khu Kinh tế Vân Phong đến năm 2030, UBND tỉnh Khánh Hòa nhận thấy Khu vực Nam Vân Phong đã có một số dự án đi vào hoạt động và đang xây dựng. Tuy nhiên, một số khu chức năng vẫn chưa được triển khai.
Trong khi đó, đối với khu vực Bắc Vân Phong, do chủ trương xây dựng đặc khu từ năm 2012 nên chưa triển khai lập qui hoạch các khu chức năng, để nghiên cứu điều chỉnh cho phù hợp. Mặt khác, theo định hướng qui hoạch chung đã được phê duyệt, một số khu chức năng và đất chưa sử dụng cần điều chỉnh và bổ sung các nội dung cho phù hợp với tình hình thực tế để kêu gọi đầu tư.