Ga Nha Trang được khánh thành ngày 2/9/1936. Cho đến ngày nay, ga Nha Trang vẫn còn giữ được kiến trúc độc đáo thời Pháp.
Năm 2012, Thủ tướng Chính phủ đã phê duyệt điều chỉnh qui hoạch chung TP Nha Trang đến năm 2025. Trong đó, ga Nha Trang sẽ được cải tạo, chỉ còn chức năng vận chuyển hành khách, xây dựng ga hàng hóa ngoài trung tâm thành phố.
Năm 2014, UBND tỉnh có văn bản về việc thỏa thuận Qui hoạch chi tiết hiện đại hóa tuyến đường sắt Bắc - Nam qua địa bàn tỉnh.
Trong đó, thống nhất cao việc xây dựng mới cầu quay đầu máy tại ga để bỏ đường vòng hình bóng đèn hiện nay. Đồng thời, đề nghị Bộ GTVT xem xét đầu tư đưa ga Nha Trang ra khỏi phạm vi TP. Nha Trang khi điều kiện về nguồn vốn cho phép.
Trong buổi làm việc với Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc và đoàn công tác Chính phủ vào đầu năm 2017, UBND tỉnh tiếp tục kiến nghị Thủ tướng, Bộ GTVT xem xét di dời ga Nha Trang ra khỏi nội thành, vì lượng tàu ra vào ga với tần suất lớn, thường xuyên gây ùn tắc, mất an toàn giao thông tại khu vực trước ga và tại nút giao thông Mả Vòng.
Gần đây hơn, tháng 10/2018, trong lần Bộ trưởng Bộ GTVT làm việc tại Khánh Hòa, vấn đề di dời ga Nha Trang lại được đưa ra bàn thảo. Sau cuộc họp, Bộ GTVT đề nghị tỉnh nghiên cứu, đánh giá tổng thể sự cấp thiết, mục tiêu, phương án thu hồi đất, sử dụng quĩ đất sau khi triển khai dự án Cải tạo đường sắt khu vực ga Nha Trang để bỏ đường vòng. Đồng thời, Bộ GTVT giao Cục Đường sắt phối hợp với UBND tỉnh đề xuất phương án triển khai thực hiện.
Tuy nhiên, đến nay ga Nha Trang vẫn hiện hữu giữa lòng thành phố.
Ga Nha Trang được thiết kế độc đáo với các đường ray được nối với nhau thành đường vòng hình bóng đèn để ra vào ga.
Đường ray đường vòng hình bóng đèn đi qua nhiều khu dân cư phường Phước Tân.
Lãnh đạo phường Phước Tân cho biết, phía sau nhà ga Nha Trang, con đường sắt chạy theo hình bóng đèn chiếm khoảng 1/3 diện tích toàn phường, ảnh hưởng rất nhiều đến đời sống, sinh hoạt, lao động của người dân.
Ngoài các chuyến tàu khách, tàu hàng và các toa tàu sửa chữa cùng thường xuyên ra vào ga Nha Trang.
Đường sắt và nhà dân san sát nhau.
Ga Nha Trang có đường sắt được thiết kế hình bóng đèn độc đáo.
Thời gian gia, một số doanh nghiệp đề xuất lập phương án tiến khả thi di dời ga Nha Trang về sử dụng quĩ đất vàng giữa trung tâm thành phố.
Tuy việc vận hành ga Nha Trang trong nội thành có gây ảnh hưởng đến một số vấn đề về giao thông vận tải và đời sống người dân nhưng nhà ga là một di tích lịch sử văn hóa.
Ga Nha Trang là nơi chứng kiến người dân nổ súng chống Pháp vào rạng sáng ngày 23 tháng 10 năm 1945.
Hiện kiến trúc nhà ga không thay đổi nhiều.
Một số công trình thời kì đầu xây dựng vẫn được giữ lại.
Một số hiện vật mang dấu ấn lịch sử vẫn còn nguyên vẹn tại ga Nha Trang.
Nhiều người dân TP Nha Trang cho biết, nên di dời ga ra khỏi trung tâm TP nhưng cần nhà ga bởi đây không chỉ là công trình lịch sử mà còn là biểu tượng của Nha Trang. Người dân cho rằng nên thay đổi công năng để nhà ga thành bảo tàng hay điểm tham quan.