Theo đó, từ ngày 18/1/2018 đến nay các địa phương thuộc Chương trình mới thực hiện hỗ trợ được khoảng 14.000 hộ nghèo xây dựng nhà ở phòng tránh bão, lụt đạt tỉ lệ 59.5% so với số lượng cần hỗ trợ theo Đề án được phê duyệt của các địa phương. Do vậy, để đạt được mục tiêu của Chương trình đề ra, Bộ Xây dựng kiến nghị Thủ tướng Chính phủ cho phép kéo dài thời gian thực hiện chương trình.
Ngày 14/3/2016, Bộ Kế hoạch và Đầu tư đã có công văn số 1658/BKHĐT-KCHTĐT gửi Văn phòng Chính phủ kiến nghị đối với phần kinh phí hỗ trợ còn thiếu từ ngân sách Trung ương để hoàn thành Chương trình, đề nghị các địa phương cân đối từ nguồn ngân sách địa phương để thực hiện.
Cũng theo báo cáo của Bộ Xây dựng, số lượng hộ nghèo cần hỗ trợ thực tế tại thời điểm hiện nay là 23.000 hộ (giảm hơn 2.000 hộ so với số hộ được phê duyệt theo Đề án được các địa phương phê duyệt). Do vậy, đề nghị truy thu hồi vốn ngân sách trung ương đã cấp cho các địa phương này.