Kiểm toán Nhà nước (KTNN) cho biết, tình trạng lấn chiếm về nhà, đất tại nhiều cơ quan trung ương đã bị kéo dài qua các năm mà chưa được xử lí, chưa hoàn thành việc sắp xếp lại, xử lí nhà, đất thuộc sở hữu nhà nước, chưa hoàn thành việc cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, thực hiện liên doanh, liên kết, cho thuê, mượn đất không đúng qui định.
Cụ thể, đối với Bộ Xây dựng sử dụng tài sản là nhà đất để cho thuê (Viện VLXD), liên danh liên kết (Viện QHĐT&NTQG) không đúng chức năng, nhiệm vụ, thẩm quyền.
Nhiều đơn vị thuộc Bộ NN&PTNT cũng có nhiều sai phạm như: Cho thuê, cho mượn khi chưa có ý kiến của Bộ trưởng hoặc văn bản phân cấp uỷ quyền theo quy định, đồng thời không được đấu giá và thực hiện kê khai nộp tiền thuê đất theo quy định (TT chuyển giao công nghệ và khuyến nông, Viện Thổ nhưỡng Nông Hóa, Viện KHKT NN miền Nam, Viện Di truyền NN (thuộc Viện VASS).
ĐH Thủy lợi cho thuê đất chưa có văn bản xin ý kiến của cấp có thẩm quyền; Học viện Nông nghiệp VN đã lập phương án gửi Bộ nhưng Bộ chưa có văn bản phê duyệt; Viện Thú y cho CTCP thuốc thú y trung ương Vetvaco mượn 01 phòng giới thiệu sản phẩm 35m2; Viện VAAS: Viện Cây lương thực và Cây thực phẩm cho mượn 4.407m2; Viện Nghiên cứu rau quả cho mượn 30.000m2.
Ngoài ra, Bộ GTVT cũng có tên trong danh sách này của KTNN khi quản lí, sử dụng không đúng qui định, cho thuê, cho mượn đất khi chưa được Bộ phê duyệt.
Khu LHTT Quốc gia: Ký hợp đồng cho thuê đất ngắn hạn (03 tháng, 06 tháng, 01 năm) thuộc khu đất chờ dự án (đã đền bù GPMB) chưa được cơ quan có thẩm quyền cho phép; chưa kê khai, nộp đầy đủ tiền thuê đất theo quy định đối với các hợp đồng liên doanh liên kết cho thuê đất dài hạn thuộc khu đất xen kẹt đã được Chính phủ cho phép thực hiện thí điểm từ năm 2011.
Một loạt các cơ quan Bộ, ngành khác cũng góp mặt như Đài THVN, Đài TNVN, Tổng Liên đoàn Lao Động Việt Nam, Khách sạn công đoàn Thanh Hóa (liên kết với Cty CP du lịch và Thương mại Lam Sơn), Trung tâm Hội nghị Công đoàn khu vực miền Trung - Tây Nguyên (CTCP Lã Vọng Group).