Cụ thể, theo qui định, phân cấp quản lí, khai thác theo chức năng của các tuyến sông, kênh, rạch với phạm vi quản lí tính từ mép bờ trở ra mực nước xuống đáy sông, kênh, rạch gồm: thoát nước; giao thông thủy; cấp nước tưới, tiêu phục vụ sản xuất nông nghiệp, nuôi trồng thủy sản, phát triển rừng, sản xuất muối nhằm đảm bảo quản lí nhà nước thống nhất, giúp khai thác tối đa chức năng phục vụ của các tuyến sông, kênh, rạch.
Nghiêm cấm và xử lí triệt để việc san lấp sông, kênh, rạch trong các dự án xây dựng trên địa bàn; thực hiện việc nạo vét bùn đất bồi lắng gây tắc nghẽn dòng chảy; vớt rác, xử lí lục bình, cỏ dại và nạo vét bãi cạn, thanh thải chướng ngại vật, khơi thông dòng chảy trên các tuyến sông, kênh, rạch.
Tiến hành xây dựng các công trình phòng chống triều cường, sạt lở nhằm mục tiêu bảo vệ an toàn khu dân cư tại các khu vực ven sông, kênh, rạch trên địa bàn; kiểm tra, giám sát, xử lí nghiêm các trường hợp san lấp, lấn chiếm, xây dựng nhà ở, công trình sai phép, không phép trong phạm vi hành lang bảo vệ an toàn sông, kênh, rạch.
Nghiên cứu, đề xuất xây dựng đồng bộ hệ thống giao thông đường thủy kết hợp hoàn thiện hạ tầng đường thủy nội địa và phát triển du lịch đường thủy.
UBND các quận, huyện thường xuyên tổ chức tuần tra, kiểm tra, xử lí hoặc báo cáo đề nghị cấp có thẩm quyền xử lí kịp thời các trường hợp vi phạm các qui định của pháp luật liên quan đến sông, kênh, rạch và các công trình thủy lợi trên sông, kênh, rạch theo phân cấp quản lí, khai thác.
UBND phường - xã - thị trấn tổ chức thực hiện việc cắm mốc hành lang bảo vệ an toàn bờ sông, kênh, rạch trên thực địa theo phương án cắm mốc đã được phê duyệt; bàn giao mốc hành lang bảo vệ an toàn bờ sông, kênh, rạch cho UBND phường - xã - thị trấn để quản lí, bảo vệ.
Xử lí hoặc đề xuất xử lí nghiêm các trường hợp san lấp, lấn chiếm, xây dựng nhà ở, công trình sai phép, không phép trong phạm vi hành lang bảo vệ an toàn bờ sông, kênh, rạch theo thẩm quyền qui định.