Theo Dự thảo quy hoạch TP Thủ Đức đến năm 2040, thành phố dự kiến sẽ quy hoạch hai bến xe liên tỉnh, 5 bến xe hàng, hai bến xe buýt và 5 bãi kỹ thuật kỹ thuật xe buýt theo quy hoạch.
Theo quy hoạch, có ba tuyến đường sắt liên vùng đi qua TP Thủ Đức gồm tuyến đường sắt Trảng Bom - Hòa Hưng; đường sắt tốc độ cao Sài Gòn - Nha Trang và tuyến đường sắt nhẹ Thủ Thiêm - Cảng hàng không quốc tế Long Thành.
Sau khi ngừng hoạt động từ cuối năm 2012, khu đất sân bay cũ Phú Quốc được quy hoạch để xây dựng tuyến đường Võ Văn Kiệt. Tại đợt điều chỉnh mới nhất, khu đất này được định hướng phát triển thành khu chức năng hỗn hợp đô thị - du lịch, thương mại tài chính mới với hàng loạt công trình cao tối đa 99 tầng.