Theo Dự thảo quy hoạch TP Thủ Đức đến năm 2040, thành phố dự kiến sẽ quy hoạch hai bến xe liên tỉnh, 5 bến xe hàng, hai bến xe buýt và 5 bãi kỹ thuật kỹ thuật xe buýt theo quy hoạch.
Theo đó, thành phố sẽ nâng cấp và xây mới bến xe khách liên tỉnh kết hợp các điểm đầu cuối xe buýt, hai bên xe liên tỉnh này bao gồm bến xe Suối Tiên (Bến xe Miền Đông 1 mới) bố trí tại khu vực Phường Long Bình - quận 9 và một phần thuộc TP Dĩ An - Tỉnh Bình Dương. Bến sẽ giữ nguyên quy mô hiện trạng 12 ha. Dự kiến tiếp tục xây dựng phần còn lại ở giai đoạn 2021 - 2025. Bổ sung chức năng bãi đỗ xe buýt phục vụ cho các tuyến buýt chất lượng cao mới trong phạm vi TP Thủ Đức.
Bến xe Sông Tắc quy mô dự kiến khoảng 13 ha, bố trí trong Khu đô thị mới Tam Đa, phường Long Trường, Trường Thạnh đảm nhận hai chức năng gồm bến xe liên tỉnh và bãi kỹ thuật xe buýt 3 ha. Vị trí và quy mô sẽ được cụ thể hóa trong bước lập quy hoạch phân khu tuy nhiên cần đảm bảo các tiêu chuẩn, yêu cầu kỹ thuật. Khuyến nghị bố trí tích hợp chức năng bến xe với các chức năng thương mại dịch vụ.
Hai bến xe buýt bao gồm bố trí bến đầu và cuối, bãi hậu cần kỹ thuật tuyến BRT số 1 thuộc Khu liên hợp TDTT quốc gia Rạch Chiếc, phường An Phú.
Bố trí tại hành lang đường Xa Lộ Hà Nội, khu vực đối diện với Khu du lịch Suối Tiên, phường Tân Phú, quận Thủ Đức.
Cùng với đó, có 4 bãi kỹ thuật xe buýt bao gồm bãi bố trí tại bãi hậu cần kỹ thuật tuyến BRT số 1 thuộc Khu liên hợp TDTT quốc gia Rạch Chiếc, phường An Phú, quận 2 (Bố trí cùng bến xe buýt BRT số 1 trong khu vực rạch Chiếc).
Bãi bố trí tại khu đất dự trữ C, phía bắc đường cao tốc TP HCM - Long Thành - Dầu Giây (bố trí cùng với bến xe sông Tắc). Lô đất có thể tích hợp xây dựng công trình hỗn hợp thương mại dịch vụ và nhà ở phía trên, dành không gian mặt đất bố trí bãi kỹ thuật đảm bảo yêu cầu.
Bãi bố trí tại khu Rạch Vĩnh Bình thuộc phường Tam Bình - Hiệp Bình Chánh, vị trí tiếp giáp đường số 12 và rạch Gò Dưa, phường Tam Phú (Bố trí tích hợp với depot Tam Đa).
Bãi xe buýt Linh Đông tại vị trí tiếp giáp đường Kha Vạn Cân, gần đường số 42, phường Linh Đông, quận Thủ Đực (Bố trí tích hợp với depot Tam Đa).
Bên cạnh đó, TP Thủ Đức còn dự kiến quy hoạch các bến xe hàng bao gồm bến xe hàng tại Khu công nghiệp Cát Lái - cụm II - phường Thạnh Mỹ Lợi; khu dịch vụ cảng và dân cư Cát Lái - phường Cát Lái. Giữ nguyên vị trí và quy mô hiện trạng 87 ha.
Bến xe hàng trong khu đô thị mới Tam Đa - phường Long Trường, Trường Thành và tại khu Cảng Bến Nghé, phường Phú Hữu. Đây cũng là các trung tập chuyển tiếp hàng hóa của khu vực. Giữ nguyên vị trí và quy mô hiện trạng 37 ha.
Bố trí các bến xe hàng Thủ Đức 1 - hiện trạng là bãi đỗ xe của chợ đầu mối nông sản Thủ Đức phường Tam Bình có quy mô 12 ha.
Hai bến hàng hóa gồm bến hàng hóa quy mô 50 ha trong khu bảo thuế - khu Công nghệ cao, phường Tăng Nhơn Phú B. Bến hàng hóa nằm trong khu Công nghệ cao, có chức năng là kho thông quan nội địa.
Một bến hàng hóa quy mô khoảng 9,6 ha trong đất công nghiệp tại phường Linh Xuân, quận Thủ Đức, có chức năng là kho thông quan nội địa.