Theo cơ quan kiểm toán, một số bộ, cơ quan trung ương chưa xử lí dứt điểm tình trạng bị lấn chiếm, tranh chấp về nhà, đất kéo dài qua các năm, trong đó có hai Trường Đại học Quốc gia Hà Nội và TP HCM. Nhiều trường Đại học cũng chưa hoàn thành việc sắp xếp lại, xử lí nhà, đất thuộc sở hữu nhà nước.
Đáng lưu ý, nhiều Bộ có trụ sở tại những khu đất vàng còn thực hiện liên doanh, liên kết, cho thuê, mượn đất không đúng qui định; không ít trụ sở thực hiện chuyển mục đích sử dụng đất nhưng chưa dứt điểm; hiệu quả sử dụng tài sản nhà, đất chưa cao.
Kiểm toán cũng chỉ rõ một số đơn vị sự nghiệp cho thuê tài sản nhưng chưa xây dựng đề án sử dụng tài sản công vào mục đích cho thuê, báo cáo cơ quan, người có thẩm quyền quyết định, hoặc có địa phương chưa kịp thời triển khai việc lập và trình cấp có thẩm quyền phê duyệt đề án sử dụng tài sản công vào mục đích cho thuê của các đơn vị sự nghiệp.
Ngoài ra, công tác quản lí đất đai còn tồn tại như: Giao đất không đúng đối tượng hoặc giao đất khi đã có ý kiến chỉ đạo tạm dừng việc xem xét, quyết định sử dụng tài sản công để thanh toán cho nhà đầu tư dự án.
Cụ thể tại tỉnh Hưng Yên, giao 7.084 m2 đất cho Công ty TNHH Phát triển hạ tầng Hưng Hải để thực hiện dự án BT sau khi đã có ý kiến chỉ đạo của Phó Thủ tướng Vương Đình Huệ về việc tạm dừng xem xét, quyết định sử dụng tài sản công để thanh toán cho nhà đầu tư dự án.
Hay tại tỉnh Quảng Ngãi còn giao 10 khu đất nhưng không thông qua đấu thầu dự án có sử dụng đất, còn tỉnh Thanh Hóa thì không thực hiện đấu giá theo qui định…
Một tồn tại đã kéo dài trong nhiều năm nay được cơ quan kiểm toán chỉ ra là tình trạng sử dụng xe ô tô vượt định mức so với qui định tại Quyết định số 32/2015/QĐ-TTg, trong đó có Bộ Công Thương, Bộ LĐTB&XH…
Bên cạnh đó, nhiều đơn vị của Bộ Tài chính như Trường Cán bộ Tài chính đang quản lí 2 ô tô có Quyết định thanh lí nhưng chưa tổ chức thanh lí; Học viện Tài chính có 1 xe ô tô đủ điều kiện thanh lí nhưng chưa làm thủ tục thanh lí và 1 xe đã có Quyết định thanh lí nhưng chưa tổ chức thanh lí; Trường Đại học Tài chính quản trị kinh doanh có 1 xe ô tô đã đủ điều kiện thanh lí nhưng chưa làm thủ tục thanh lí.
Ngoài ra, vẫn còn một số địa phương sử dụng ô tô vượt tiêu chuẩn, định mức, điển hình như Tỉnh Tây Ninh vượt 66 xe, Vĩnh Phúc 3 xe, Thanh Hóa 12 xe, Hà Tĩnh 3 xe, Thái Bình 1 xe, Quảng Ninh 27 xe... Riêng tỉnh Thái Bình còn sử dụng 4 xe ôtô biển số 80 chưa phù hợp qui định về đăng ký xe theo qui định.