Thủ tục cấp chứng nhận xuất xứ ưu đãi theo AIFTA, mẫu CO tương ứng và cách thức khai C/O được cụ thể hóa tại Thông tư số 15/2010/TT-BCT về thực hiện qui tắc xuất xứ trong Hiệp định Thương mại Hàng hóa ASEAN - Ấn Độ (AIFTA).
Cụ thể, Hiệp định AIFTA vẫn áp dụng qui trình cấp chứng nhận xuất xứ truyền thống (cấp C/O thông qua một cơ quan có thẩm quyền do Nhà nước qui định).
Hiện nay AIFTA chỉ chấp thuận C/O bản giấy; Việt Nam và các thành viên AIFTA khác chưa có cơ chế "đưa thông tin C/O lên web để cơ quan hải quan Bên nhập khẩu có thể tra cứu".
Khác với ATIGA, Hiệp định Thương mại Hàng hóa ASEAN – Trung Quốc (ACFTA), Hiệp định Thương mại Hàng hóa ASEAN – Hàn Quốc (AKFTA) và Hiệp định Đối tác Kinh tế toàn diện ASEAN - Nhật Bản (AJCEP) (C/O có hai bản sao), một bộ C/O mẫu AI bao gồm một bản chính và ba bản sao; và phải khai báo bằng tiếng Anh.
Tương tự như các Hiệp định mà Việt Nam kí trong thời gian đầu, AIFTA yêu cầu thông báo cụ thể mẫu con dấu và mẫu chữ kí của từng cán bộ cấp C/O.
Ngoài ra, đối với C/O giáp lưng, AIFTA còn có qui định rằng tên nhà xuất khẩu trên C/O giáp lưng và nhà nhập khẩu trên C/O gốc phải là một. Đây chính là điều khiến AIFTA là một trong những FTA qui định chặt nhất về vấn đề này.
Qui định chặt này gây trở ngại đáng kể trong quá trình thông quan hàng hóa với những doanh nghiệp Việt Nam muốn được hưởng thuế quan ưu đãi từ Hiệp định.