Theo đó, tại khu vực phía bắc sông Hồng, Hà Nội đề xuất quy hoạch bến xe khách liên tỉnh phía Đông Bắc nằm tại vị trí kẹp giữa đường sắt vành đai và Quốc lộ 5, thuộc xã Trâu Quỳ với quy mô diện tích bến 8 - 10 ha; quy hoạch bến xe khách Đông Anh theo đúng vị trí đã được duyệt trong điều chỉnh quy hoạch chung Thủ đô Hà Nội năm 1998, bến xe khách liên tỉnh tại Đông Anh có nhiệm vụ thu hút và trung chuyển lượng hành khách từ hướng bắc theo Quốc lộ 3, đường cao tốc Nội Bài - Hạ Long vào trung tâm Thủ đô Hà Nội với diện tích 5,3 ha.
Bến xe liên tỉnh phía Bắc được chuyển ra khu vực sân bay Nội Bài - vị trí đầu mối giao thông (giao giữa đường Hà Nội – Lào Cai, Hà Nội – Hạ Long, Bắc Thăng Long – Nội Bài), quy mô diện tích 5 - 7 ha; bến xe liên tỉnh Gia Lâm được giữ nguyên vị trí cũ, diện tích 1,45 ha.
Đối với khu vực phía nam sông Hồng, bến xe khách phía Nam là bến được đề xuất mới, gồm hai vị trí, một bến chính nằm tại ga Ngọc Hồi (quy mô diện tích 4,5 ha), kết nối rất thuận lợi với loại hình giao thông công cộng có khối lượng lớn (tuyến đường sắt đô thị số 1), cùng với ga Ngọc Hồi tạo thành một đầu mối về hành khách lớn phía nam Hà Nội, một bến nằm sát Quốc lộ 1A mới (Pháp Vân – Cầu Giẽ) (diện tích 6,6 ha).
Bến xe Nước Ngầm dự kiến được nâng cấp cải tạo trong giai đoạn trước mắt, khi xây dựng mới bến xe phía Nam thì chuyển thành đầu mối giao thông công cộng, diện tích 1,08 ha. Hà Nội cũng đề xuất bến xe mới - bến xe khách phía Tây Nam (bến xe khách Hà Đông hay bến xe Yên Nghĩa), cụ thể, bến xe Hà Đông cũ được di chuyển ra vị trí phía trong khu vực ngã tư giữa đường vành đai IV và Quốc lộ 6, bến mới quy mô diện tích 7 ha sẽ đảm nhận vai trò của bến xe Hà Đông và bến xe Thanh Xuân cũ.
Bến xe khách liên tỉnh phía Tây nằm sát khu đô thị Quốc Oai, trên đường Láng - Hòa Lạc, quy mô diện tích 5 - 7 ha. Bến xe khách liên tỉnh Phùng nằm sát vị trí giao giữa Quốc lộ 32 và đường vành đai IV, diện tích 8 - 10 ha. Bến xe khách Mỹ Đình được giữ nguyên vị trí cũ, mở rộng theo quy hoạch quy mô diện tích 3,5 ha. Bến xe khách Giáp Bát cũng giữ nguyên vị trí cũ, quy mô diện tích 3,65 ha.
Đồ án Điều chỉnh Quy hoạch chung Thủ đô Hà Nội đến năm 2045, tầm nhìn đến năm 2065 cũng đưa ra phương án quy hoạch hệ thống bến xe khách trong giai đoạn trung hạn. Cụ thể, thành phố đề xuất quy hoạch bến xe khách Yên Sở nằm gần công viên Yên Sở với quy mô diện tích 3,35 ha; bến xe khách Vân Trì nằm gần nút giao giữa Đường 5 kéo dài và đường Thăng Long - Nội Bài sát nút giao Kim Chung, diện tích 3 - 5 ha; bến xe khách Xuân Phương tại khu vực nam Quốc lộ 32, giáp Đường tỉnh 70 thuộc địa phận huyện Từ Liêm, diện tích 3 - 5 ha.
Với hệ thống bến xe khách tại khu vực đô thị vệ tinh, bến xe khách ga Phú Xuyên dự kiến nằm gần ga Phú Xuyên, diện tích 5 ha; bến xe khách Xuân Mai nằm gần nút giao Quốc lộ 6 và Quốc lộ 21A tại thị trấn Xuân Mai, diện tích 5 ha; bến xe khách Nam Hòa Lạc nằm ở phía nam đô thị Hòa Lạc, xã Phú Mãn, sát Quốc lộ 21A, diện tích 5 ha.
Bến xe Bắc Hòa Lạc nằm ở phía bắc đô thị Hòa Lạc khu đại học Quốc Gia, sát Quốc lộ 21A, quy mô diện tích 5 ha; bến xe Sơn Tây nằm ở phía Đông Nam khu đô thị Sơn Tây, sát Quốc lộ 32, diện tích 3,65 ha; bến xe Sơn Tây 2, đây là bến đề xuất mới nằm ở phía tây bắc khu đô thị Sơn Tây gần cụm công nghiệp Cam Thượng và Quốc lộ 32, diện tích 5 ha; bến xe Nam Sóc Sơn nằm phía nam khu đô thị Sóc Sơn, sát Quốc lộ 3, diện tích 5 ha; bến xe Bắc Sóc Sơn nằm phía bắc khu đô thị Sóc Sơn, sát Quốc lộ 3, quy mô diện tích 5 ha.