Quy hoạch xác định mục tiêu xây dựng một nền nông nghiệp (bao gồm cả lâm nghiệp, thủy sản) hàng hóa mạnh, đa dạng và bền vững dựa trên cơ sở phát huy các lợi thế so sánh; áp dụng khoa học công nghệ, làm ra sản phẩm có chất lượng cao, đáp ứng nhu cầu đa dạng trong nước và tăng khả năng cạnh tranh chiếm lĩnh thị trường quốc tế;
Bên cạnh đó, nâng cao hiệu quả sử dụng đất đai, lao động và nguồn vốn; tăng nhanh thu nhập và đời sống của nông dân, ngư dân, diêm dân và người làm nghề rừng. Quy hoạch đưa ra một số chỉ tiêu cụ thể như sau:
Thời kỳ 2006 - 2010, tốc độ tăng trưởng giá trị nông, lâm nghiệp và thủy sản đạt bình quân 4 - 4,5%/năm, trong đó thủy sản tăng trưởng bình quân 8 - 9%/năm; Tốc độ tăng trưởng kinh tế nông thôn đạt bình quân 7,5 - 8%/năm;
Cơ cấu kinh tế nông nghiệp: trồng trọt 65%, chăn nuôi 30%, dịch vụ 5%; Tỷ lệ che phủ của rừng đạt 43 - 44%; Khai hoang mở rộng đất nông nghiệp mỗi năm 120.000 - 150.000 ha;
Kim ngạch xuất khẩu nông, lâm, thủy sản đạt: 11 tỷ USD, trong đó nông, lâm sản 7 tỷ USD, thủy sản 4 tỷ USD; Giá trị sản lượng trên 1 ha đất nông nghiệp đạt bình quân 30 triệu đồng; Thu nhập bình quân đầu người ở nông thôn gấp 2 lần năm 2000.
Tầm nhìn năm 2020, tốc độ tăng trưởng giá trị nông, lâm nghiệp và thủy sản đạt bình quân 4%/năm; Tốc độ tăng trưởng kinh tế nông thôn đạt bình quân 8 - 10%/năm; Cơ cấu kinh tế nông nghiệp đạt: trồng trọt 50%, chăn nuôi 35% và dịch vụ 15%;
Tỷ lệ che phủ của rừng đạt 50%; Kim ngạch xuất khẩu nông, lâm, thủy sản đạt 17,5 - 18 tỷ USD, trong đó nông, lâm sản 9,5 - 10 tỷ USD, thủy sản 8 tỷ USD; Giá trị sản lượng trên 1 ha đất nông nghiệp đạt bình quân 50 triệu đồng; Thu nhập bình quân đầu người ở nông thôn đạt 1.000 USD/người/năm.
Về quy hoạch sử dụng đất, khai hoang mở thêm đất nông nghiệp từ năm 2002 đến năm 2010 là 975 nghìn ha; Đất sản xuất nông nghiệp năm 2010: 9,67 triệu ha; bố trí đất cây hàng năm 6,1 triệu ha, trong đó: đất lúa 3,96 triệu ha, đất vườn 370 ngàn ha, đất cây lâu năm 2,9 triệu ha, đất đồng cỏ 300 ngàn ha.
Tầm nhìn năm 2020 đất sản xuất nông nghiệp 10,18 triệu ha; bố trí đất cây hàng năm 6,3 triệu ha, trong đó: đất lúa 3,8 triệu ha; đất vườn tạp 190 ngàn ha; đất cây lâu năm 3,3 triệu ha; đất đồng cỏ 390 ngàn ha;
Đất nuôi trồng thủy sản đến năm 2010 khoảng 1,44 triệu ha, trong đó nuôi trồng thủy sản nước ngọt: 640 ngàn ha, đất nuôi trồng thủy sản nước mặn, nước lợ: 800 ngàn ha. Tầm nhìn năm 2020 đất nuôi trồng thủy sản khoảng 2,0 triệu ha, trong đó đất nuôi trồng thủy sản nước ngọt: 700 ngàn ha, đất nuôi trồng thủy sản nước mặn, nước lợ: 1,3 triệu ha;
Tăng thêm đất lâm nghiệp đến năm 2010 và định hướng đến năm 2020 là 4,3 triệu ha. Đất lâm nghiệp là 16,7 triệu ha; bố trí đất rừng sản xuất 7,4 triệu ha, rừng phòng hộ 5,4 triệu ha, rừng đặc dụng 3,9 triệu ha.